Está determinado que el peculiar color de este río se debe a la interacción del agua y las rocas compuestas principalmente por minerales de hierro.
El río Rojo, ubicado en la provincia de Canchis, Pitumarca, del departamento de Cusco, es, sin duda, uno de los atractivos más curiosos de la ciudad inca. Situado muy cerca de la Montaña de 7 Colores de Palccoyo, este río le debe su color rojizo, en gran medida, a la interacción del agua con los minerales de hierro presentes principalmente en las rocas sedimentarias del entorno.
En el boletín Geología del cuadrángulo de Ocongate del Ingemmet, se determinó que las formaciones que presentan dichos atributos son las formaciones Vilquechico y Auzangate. La Formación Vilquechico, cuya base está conformada por areniscas cuarzosas y arcósicas, ambas de colores rosáceo a rojo brunáceo, presenta afloramientos de diversos colores, destacando en el en el Cerro Jatunrritioc o cerro Siete Colores las lutitas rojas violáceas y rojas brunáceas. 
Por su parte, la Formación Auzangate está compuesta por estratos delgados de lutitas rojo violáceo y limolitas finas color rojo brunáceo, alternada por estratos muy delgados de areniscas finas rojizas de grano fino con presencia de laminaciones paralelas y oblicuas.
En tanto, los boletines Litogeoquímica de la subcuenca Apurímac y Litogeoquímica de la subcuenca Santo Tomás, evidencian mediante resultados geoquímicos que, las rocas de las formaciones Auzangate y Quilque, presentan contenidos importantes de minerales de hierro y manganeso.
Cabe destacar que la interacción del agua con las rocas, en entornos fluviales, generan hidróxidos y óxidos de hierro de colores rojizos; que precipitan en los lechos de los ríos y quebradas, otorgándoles un vistoso color rojo. Por estas razones, dichas cualidades se pueden extender a otras áreas como el ubicado en San Gabán (Puno).
